Banco Patagonia es continuador de una serie de bancos de histórica presencia en Argentina. Hoy Banco Patagonia suma la experiencia de más de 90 años de trayectoria en el mercado financiero argentino.
Entre los Bancos antecesores podemos mencionar el Banco Mercantil Argentino (pionero en el negocio de Plan Sueldo), que en 1999 concreta la fusión por absorción de Banco Caja de Ahorro (precursor en la incorporación del negocio de seguros al sector bancario) adoptando está última denominación; y en el año 2000 se produce la fusión por absorción del Banco Sudameris Argentina adoptando la entidad continuadora esta última razón social.
En el año 2003, Banco Sudameris Argentina absorbe a Banco Patagonia S.A. (que luego se disolvió sin liquidarse), y cambia su denominación a Banco Patagonia Sudameris.
Ese Banco Patagonia había surgido de la fusión en 1997 del Banco Mildesa y el Banco Río Negro, manteniendo el nombre de este último hasta que en el año 2000 cambia su denominación por la de Banco Patagonia (cuya disolución sin liquidación fue inscripta en septiembre de 2004).
En el año 2004, Banco Patagonia Sudameris adquiere los negocios de Lloyds TSB Bank plc Sucursal Argentina, que registraba más de 140 años en el país, y vuelve a adoptar el nombre Banco Patagonia.
En 2007 Banco Patagonia abre su capital en las Bolsas de Comercio de Buenos Aires y San Pablo, siendo la primera empresa que, sin tener operaciones en Brasil, listó sus acciones en la Bolsa de San Pablo (BOVESPA), hasta el 2019.
En el año 2010, el Banco adquiere el 99% del capital accionario de GPAT Compañía Financiera S.A. (ex GMAC Compañía Financiera S.A.), con el objetivo de ampliar su horizonte de negocios. Actualmente, el Banco posee el 100% de GPAT Compañía Financiera S.A.U..
Durante 2011, el 58,96% del capital social de Banco Patagonia pasó a manos del accionista controlante, Banco do Brasil S.A., institución financiera con más de 200 años de historia en el mercado financiero brasileño, que cuenta también con presencia en otros países.
En 2018 fue ejercida la opción de venta por parte de los accionistas minoritarios a Banco do Brasil S.A. quien aumentó su participación en Banco Patagonia S.A., pasando a ser titular del 80,39% del capital social y votos en circulación.
Los legados de estas instituciones y las demás que forman parte hoy de Banco Patagonia, representan un activo de gran valor para la Entidad y un elemento competitivo diferenciador.